L'ambiance y est informelle, et le prince traite ses musiciens comme ses égaux. Il les emmène à Carlsbad (devenue Karlovy Vary en République tchèque) pour prendre les bains, et il joue souvent avec eux, parfois même chez Bach lorsque sa mère, Gisela Agnes, s'irrite de la présence perpétuelle de l'orchestre au palais. Son poste offre à Bach un certain confort matériel, avec une dotation de 400 thalers par an{{sfn|Marcel|1961|p=76}}. Le prince Léopold est par ailleurs le parrain de Léopold Augustus Bach, le dernier enfant de Maria Barbara.
Cette période heureuse est propice à l'écriture de ses plus grandes œuvres instrumentales pour luth, flûte, violon (Sonates et partitas pour violon seul), clavecin (premier livre du « Clavier bien tempéré »), violoncelle (Suites pour violoncelle seul), Six concertos brandebourgeois, et probablement la (dont la célèbre Aria ou Air sur la corde de sol de son {{2e mouvement}}, appelé « Air de Jean-Sébastien Bach »).
Mais sa femme, Maria Barbara, meurt le 7 juillet 1720{{sfn|du Bouchet|1991|p=77}}, et cet événement le marque profondément. Il en est d'autant plus bouleversé qu'il n'apprend la mort et l'enterrement de son épouse qu'à son retour de Dresde. Il se remarie un an et demi plus tard avec Anna Magdalena Wilcke, fille d'un grand musicien et prima donna de la cour de Köthen{{sfn|du Bouchet|1991|p=84}},.
Il songe à quitter cet endroit rempli de souvenirs à la recherche d'une ville universitaire pour les études supérieures de ses enfants, d'autant qu'il ne peut composer de musique sacrée dans une cour calviniste. De plus, le prince se remarie en 1721, et sa deuxième épouse semble être eine amusa, selon le dire de Bach, c’est-à-dire peu sensible aux arts en général, et en détourne son mari. Parallèlement, le prince doit contribuer davantage aux dépenses militaires prussiennes{{sfn|du Bouchet|1991|p=85}}.
Bach cherche un nouvel emploi. En 1720, à la Katharinenkirche de Hambourg, il donne un concert très remarqué, en particulier par Johann Adam Reinken, très âgé{{sfn|Dowley|1990|p=44}}, et se voit presque proposer un poste. Il rassemble un recueil de ses meilleures œuvres concertantes (les six concertos brandebourgeois), et les envoie au margrave de Brandebourg qui lui avait marqué un certain intérêt deux ans auparavant. Il postule à Leipzig, où le poste de cantor est vacant et lui offrirait une plus grande renommée dans le Saint-Empire, mais aussi en Pologne et en France : le prince-électeur de Saxe est roi de Pologne et a fréquenté la cour de Versailles, avec laquelle il garde de bonnes relations.
Il obtient le poste de cantor de Leipzig, succédant à Johann Kuhnau, fonction pourtant d'un rang inférieur à celle de Kapellmeister qu'il occupait auprès du prince. C'est peu après sa nomination, alors qu'il est encore à Köthen, qu'il compose la Passion selon saint Jean destinée à l'église Saint-Thomas de Leipzig. Cette ville de commerce n'a pas d'orchestre de cour et l'opéra y a fermé ses portes, sa femme doit abandonner sa carrière de cantatrice. Elle l'aide alors dans ses travaux de copie et de transcription.
